14/06/2024
ヒトのTelomere-to-telomereにAssembleだけでトライした結果をアップロードしました。
https://www.maze.co.jp/bio/1347.html
PacBioのHifi-readsとNanoporeのUltra long readsとTrioのショートリード(HG002,HG003,HG004)の公開されているデータを使って、ほぼ染色体レベルで、phasingでき、長いContigが作成できました。問題は、下流の解析に使用する”リファレンスゲノム配列”をどうするかです。これまでの下流解析である発現解析やプロテオーム解析が使用するリファレンスデータは、”1本”のゲノム配列を前提に組み立てられているからです。どうしましょ。
これまで、Genome sequencing-assembleにより得られるゲノム配列は、haploid consensusの1セットでした。 最近は、long readであること、そのread品質が向上したこと、p […]